しかし、1640年11月9日、将軍徳川家光の命を受けた大目付井上政重により、1639年建造の倉庫にキリスト生誕にちなむ西暦の年号が示されているとして、当時の禁教令の下、全ての建物の破壊が命じられました。

幕府は1640年(寛永17)オランダ商館のキリシタン点検という名目でオランダ商館の倉庫を臨検した。そしてキリスト教暦、つまり西暦年号の入った2棟の倉庫を見つけ建物の破壊と商館長の1年交代を命じた。これは、あくまでもオランダ商館を平戸藩から取上げるための口実であったが、長崎出島への移転の理由付けにするのです。

しかし、1640年、突如として徳川幕府よりすべての倉庫の破壊が命じられたのです。

その理由は、1639年建造の倉庫にキリスト生誕にちなむ西暦の年号が示されていたからです。

平戸に沢山の潜伏キリシタンがいることを幕府は知っていて、1637年に起こった島原の乱のこともあるから西暦のいちゃもんをつけて平戸からオランダ人を立ち退かせたのだと思います。

日本初の和洋折衷建築物として1639年に完成したオランダ商館の倉庫を 2011年に復元したもので中は当時の貿易品などを展示しています。 画像では分かりにくいですが、屋根の部分が瓦で出来ており、 入口上部には西暦の1639と世界初の株式会社としても有名な「オランダ東インド会社」を 意味するVOCの文字があります。 禁教期になると西暦が使われているという理由で破壊されてしまったそうです。

復元された建物は、1639年に完成した巨大な石造倉庫であり、日本で始めての洋風建築物です。 約2万個もの砂岩切石や48センチ角の大きさの柱などが使用され、外観や構造はオランダの建物に類似しています。 ただし、屋根などは一部日本建築の要素も認められます。 しかしその外観が日本人の目には非常に奇異なものと映ったこと、破風に西暦年号が入っていたことなどを理由に、出島移転前の1640年、幕府により破壊するように命じられました。