RFC 3823

MIME Media Type for the Systems Biology Markup Language (SBML)
システム生物学マーク付け言語 (SBML) MIME 媒体型
Network Working Group
Request for Comments: 3823
Category: Informational
B. Kovitz
Caltech
June 2004

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Copyright Notice

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Abstract

This document registers the MIME sub-type application/sbml+xml, a media type for SBML, the Systems Biology Markup Language. SBML is defined by The SBML Team at the California Institute of Technology and interested members of the systems biology community.

この文書は、 SBML — システム生物学マーク付け言語の MIME 亜型 application/sbml+xml を登録します。 SBML は California Institute of Technology の SBML 組とシステム生物学コミュニティの関心ある参加者により定義されました。

1. Introduction

SBML is an XML format for representing and exchanging models of biochemical reaction networks used in systems biology. SBML:

SBML はシステム生物学で使われる生化学反応網の模型の表現と交換のための XML の書式です。 SBML は、

o enables researchers in systems biology to use multiple tools, such as simulators, editors, differential-equation solvers, and visualizers, on a single model without rewriting the model for each tool;
o enables researchers and publishers to make models available on-line to other researchers even if they use a different software environment;
o enables models, and the intellectual effort put into them, to survive beyond the lifetime of the software tools used to create them.

システム生物学の研究者が複数の工具、たとえばシミュレータ、編集器、微分方程式解答器、視覚化器を、それぞれの工具のために模型を書き直さずに単一の模型で利用することを可能にします。
研究者と出版者が、模型を線上で他の研究者にも、たとえその別の研究者が異なるソフトウェア環境を使っていたとしても利用可能とすることを可能にします。
模型、そしてそこに注入された知的努力を、それを作成したソフトウェア工具の寿命をこえて生き残らせることを可能にします。

Currently, about 60 software applications use SBML, and researchers are using these applications to develop quantitative and qualitative computational models, mostly in cell biology. In addition, several consortia and alliances have standardized SBML as their model definition language. The SBML community hopes that a standardized MIME media type will help researchers share models on a larger scale, drawing more heavily on the capabilities of the world-wide web.

現在、60くらいのソフトウェア応用が SBML を使っており、研究者はそれらの応用を、とりわけ細胞生物学で、定量的で定性的な計算的模型の開発に使用しています。加えて、いくつかの consortium や alliance が模型定義言語として SBML を標準としています。 SBML コミュニティは標準化された MIME 媒体型が研究者が模型をより大きな範囲で共有し、世界規模ウェブの能力をより大きく引き出す助けとなると期待しています。

A detailed exposition of SBML and its uses within the systems biology community is available in references [HUCKA2003], [FINNEY2003], and [HUCKA2004].

SBML とシステム生物学コミュニティでの使用についての詳細な説明は参考文献 [HUCKA2003], [FINNEY2003], [HUCKA2004] にあります。

2. IANA Registration

This section registers application/sbml+xml as a MIME media type according to the parameters set forth in [RFC2048].

この節は application/sbml+xml を RFC 2048 に示された引数に従って MIME 媒体型として登録します。

MIME media type name
application
MIME subtype name
sbml+xml
Required parameters
none.
Optional parameters
none.

There is no charset parameter. Character handling has identical semantics to the case where the charset parameter of the "application/xml" media type is omitted, as described in section 3.2 of [RFC3023]. Note that SBML level 2 is defined to have UTF-8 encoding [SBML2-1, section 4.1].

charset 引数はありません。文字の取扱いは application/xml 媒体型で charset 引数が省略された場合として RFC 3023 の3.2節に記述されているのと同じ意味を持ちます。 SBML 水準2は UTF-8 符号化を持つものと定義されていることに注意してください。

Encoding considerations
Same as described in section 3.2 of [RFC3023].
Security considerations

The security considerations described in section 7 of [RFC3470] all potentially apply to sbml+xml documents. In particular, sbml+xml documents might contain the results of proprietary biological research that their owner may wish to keep private.
The XML schema for sbml+xml provides for no active or executable content.

RFC 3470 の7節に記述された安全上の考察がすべて潜在的に sbml+xml 文書に適用されます。特に、 sbml+xml 文書は所有者が私的なままにしておきたいと思う独占的な生物学的研究結果を含んでいるかもしれません。

sbml+xml の XML schema は動的・実行可能な内容を提供しません。

Interoperability considerations
The information in an sbml+xml document describes an abstract model of biochemical reactions. It is not tied to any particular software application, and indeed the primary purpose of SBML is to make these models readable and writable by many different software applications.

sbml+xml 文書の情報は生化学反応の抽象模型として記述されています。特定のソフトウェア応用とは結び付けられておらず、 SBML の主目的も模型を多くの異なるソフトウェア応用から読み書き可能にすることにあります。

This might seem to make sbml+xml more appropriate for the "Model" primary content type [RFC2077], but SBML models are not guaranteed to have the required three orthogonal dimensions. SBML models, rather, involve interacting entities that exist within compartments. However, ideally, browsers and other software that reads sbml+xml would give a human reader multiple choices of how to view the document: in a data-visualization tool, in a model editor, in a differential-equation analyzer, etc.

ということは sbml+xml は Model 一次内容型の方が適切に思えるかもしれませんが、 SBML 模型は3つの直交次元を必要とするとは限りません。 SBML 模型は、そうではなく、区画の中に存在する相互作用する実体に関するものです。しかし、理想的には、 sbml+xml を読む閲覧器や他のソフトウェアは文書をどう表示するかについて人間の読者に複数の選択肢、たとえばデータ可視化工具でみるか、模型編集器で開くか、微分方程式解析器に与えるか、というような選択肢を与えることとなるでしょう。

The systems biology community has and will continue to release new levels and versions of the SBML schema and semantics. New versions attempt to be backward compatible with old versions, but sometimes small incompatibilities are introduced. Every sbml+xml document contains its level and version; programs that read sbml+xml should read this information to be sure they correctly interpret the remainder of the document.

システム生物学コミュニティは新しい水準と版の SBML schema や意味を出し続けてきましたし、これからもそうし続けることになるでしょう。新しい版は古い版と後方互換であるようにしてはいますが、時々小さな非互換性が持ち込まれることがあります。すべての sbml+xml 文書は水準と版を含んでいます。 sbml+xml を読むプログラムはこの情報を読んで、文書の残りの部分を正しく解釈できることを確かめるべきです。

Published specification
A list of all current SBML specifications and related documents is maintained at:

すべての現行の SBML 仕様書と関連文書の一覧は

http://sbml.org/documents

で管理されています。

Current specifications are:

現行の仕様書は、次のものです。

      SBML level 2, version 1
      http://sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.ps
      http://sbml.org/specifications/sbml-level-2-v1.pdf
>
      SBML level 1, version 2
      http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.ps
      http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.pdf
>
      SBML level 1, version 1
      http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v1.ps
      http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v1.pdf

All specifications are authored by and available in hardcopy form from The SBML Team (see below for mailing information).

すべての仕様書は SBML 組 (後のメイル情報を参照) により執筆され、紙版で提供されています。

Applications which use this media type
The following application and database projects read and/or write models in sbml+xml format. Currently, most do not encode or decode MIME-format messages. Hopefully the registration of sbml+xml will make it easier for these projects to connect through a broader infrastructure, such as the creation of repositories of models on the world-wide web.

次の応用とデータベース計画が sbml+xml 形式の模型を読んだり書いたりします。現在、ほとんどが MIME 形式のメッセージを符号化したり復号したりしません。 sbml+xml の登録によってこれらの計画がより広い基盤により接続する、たとえば世界規模ウェブ上で模型の倉庫を作成することが容易になるであろうと望んでいます。

         BALSA
         BASIS
         BioCharon
         biocyc2SBML
         BioGrid
         BioNetGen
         Bio Sketch Pad
         BioSpreadsheet
         BioUML
         BSTLab
         CADLIVE
         CellDesigner
         Cellerator
         Cellware
         COPASI
         Cytoscape
         DBsolve
         Dizzy
         E-CELL
         ecellJ
         ESS
         Gepasi
         Jarnac
         JDesigner
         JigCell
         JSIM
         JWS
         Karyote
         KEGG2SBML
         Kinsolver (planned)
         libSBML
         MathSBML
         MMT2
         Modesto
         MOMA (planned)
         Monod
         NetBuilder
         PathArt
         PathScout
         PaVESy
         PathwayBuilder
         ProcessDB (planned)
         SBW
         SCIpath
         SigPath
         SigTran
         Simpathica
         SimWiz
         StochSim
         STOCKS
         Trelis
         Virtual Cell
         VLX Suite
         WinSCAMP

A list of SBML-enabled applications, along with URLs for more information about them, is maintained at http://sbml.org.

SBML に対応した応用の一覧とそれら応用についての更なる情報の URL は http://sbml.org で管理されています。

Additional information
For further information, contact:

更なる情報については、

         Michael Hucka
         mhucka@caltech.edu
>
         Andrew Finney
         afinney@cds.caltech.edu
>
         The SBML Team
         http://sbml.org
         sbml-team@caltech.edu
         Control and Dynamical Systems, MC 107-81
         California Institute of Technology
         Pasadena, CA  91125
         USA

に連絡してください。

Intended usage
LIMITED USE
Author/Change Controller
The SBML specification is a free, open, community effort organized and edited by The SBML Team. The SBML Team has change control over the specification.

SBML 仕様書は自由で開かれたコミュニティ努力により組織化されたものであり、 SBML 組により編集されています。 SBML 組が仕様書の変更権を持ちます。

The SBML Team and interested members of the systems biology community meet regularly at the "Workshops on Software Platforms for Systems Biology". Information about past and planned workshops is maintained at:

SBML 組とシステム生物学の缶りんある参加者は「システム生物学ソフトウェア環境研究会」で定期的に会合しています。過去と計画中の研究会の情報は

http://sbml.org/workshops

で管理されています。

3. Security Considerations

Security considerations for sbml+xml are discussed in the "Security Considerations" heading in the IANA registration in section 2.

sbml+xml の安全については 2章の IANA 登録の「安全に関して」の見出しで議論しています。

4. Contributors

The following people contributed to the content of this document: Michael Hucka (Caltech), Andrew Finney (University of Hertfordshire).

次の人々がこの文書の内容に貢献してくださいました。 Michael Hucka (Caltech), Andrew Finney (University of Hertfordshire)。

5. References

5.1. Normative References

   [SBML2-1]    Finney, A. and Hucka, M., "Systems Biology Markup
                Language (SBML) Level 2: Structures and Facilities for
                Model Definitions", June 28, 2003.  Available from The
                SBML Team at: http://sbml.org/specifications/sbml-
                level-2-v1.pdf

   [SBML1-2]    Hucka, M., Finney, A., Sauro, H. and Bolouri, H.,
                "Systems Biology Markup Language (SBML) Level 1:
                Structures and Facilities for Basic Model Definitions",
                August 28, 2003.  Available from The SBML Team at:
                http://sbml.org/specifications/sbml-level-1-v2.pdf

5.2. Informative References

   [FINNEY2003] Finney, A. and Hucka, M., "Systems Biology Markup
                Language: Level 2 and Beyond", Biochemical Society
                Transactions 31:1472-1473, December, 2003.

   [HUCKA2003]  Hucka, M., Finney, A., Sauro, H.M., Bolouri, H., Doyle,
                J.C., Kitano, H., Arkin, A.P., Bornstein, B.J., Bray,
                D., Cornish-Bowden, A., Cuellar, A.A., Dronov, S.,
                Gilles, E.D., Ginkel, M., Gor, V., Goryanin, I.I.,
                Hedley, W.J., Hodgman, T.C., Hofmeyr, J.-H., Hunter,
                P.J., Juty, N.S., Kasberger, J.L., Kremling, A., Kummer,
                U., Le Novere, N., Loew, L.M., Lucio, D., Mendes, P.,
                Minch, E., Mjolsness, E.D., Nakayama, Y., Nelson, M.R.,
                Nielsen, P.F., Sakurada, T., Schaff, J.C., Shapiro,
                B.E., Shimizu, T.S., Spence, H.D., Stelling, J.,
                Takahashi, K., Tomita, M., Wagner, J., Wang, J., "The
                Systems Biology Markup Language (SBML): a Medium for
                Representation and Exchange of Biochemical Network
                Models", Bioinformatics 19(4):524-531, 2003.

   [HUCKA2004]  Hucka, M., Finney, A., Bornstein, B. J., Keating, S. M.,
                Shapiro, B. E., Matthews, M., Kovitz, B. L., Schilstra,
                M. J., Funahashi, A., Doyle, J. C., and Kitano, H.,
                "Evolving a Lingua Franca and Associated Software
                Infrastructure for Computational Systems Biology: The
                Systems Biology Markup Language (SBML) Project", Systems
                Biology, Vol. 1, 2004.

   [RFC2048]    Freed, N., Klensin, J. and J. Postel, "Multipurpose
                Internet Mail Extensions (MIME) Part Four: Registration
                Procedures", BCP 13, RFC 2048, November 1996.

   [RFC2077]    Nelson, S. and C. Parks, "The Model Primary Content Type
                for Multipurpose Internet Mail Extensions", RFC 2077,
                January 1997.

   [RFC3023]    Murata, M., St. Laurent, S. and D. Kohn, "XML Media
                Types", RFC 3023, January 2001.

   [RFC3470]    Hollenbeck, S., Rose, M. and L. Masinter, "Guidelines
                for the Use of Extensible Markup Language (XML) within
                IETF Protocols", BCP 70, RFC 3470, January 2003.

訳注: Charset のところで参照している RFC 3023 くらい Normative にしてもばちはあたらないと思いますが...

6. Author's Address

   Ben Kovitz
   Control and Dynamical Systems, MC 107-81
   California Institute of Technology
   Pasadena, CA  91125
   USA

   Phone: +1 626 395-6911
   EMail: bkovitz@caltech.edu

7. Full Copyright Statement

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Acknowledgement

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License

RFCのライセンス

メモ

[1] 訳者より: システム生物学に詳しい方の review があると嬉しいです。