[1] Web技術を使った学術系の文書の記述の方法を規定しようとするものや、 出版システムを実装したものなどがいくつかあります。
[2] そもそも World Wide Web は研究所で学術情報を交換するための情報システムとして開発されたものでした。 この意味でそもそも Web はすべて学術系の技術といえないこともないのですが、 早い時期から商業化されて、技術にも標準化の実情にも学術色はかなり薄まっています。
[4] Web は論文のやり取りのシステムだったと説明されることがあります。 大きく間違っているとまではいえませんが、あまり適切なニュアンスとは感じられません。
[5] 開発初期の段階でまず試験運用されたのは研究所のシステムのマニュアルのハイパーテキスト化でした。
[6] 純粋な論文の配信システムだとハイパーテキストの必要性はそこまで大きくありませんよね。 (参考文献がリンクになったら便利だとか、論文一覧メニューでリンク的なものが要るとか、親和性はあるのですが。)
[12] Google Scholar は検索対象となるべき文書の条件を公開しています。