[1] JSON の差分の記述方法はいくつか提案されています。
[2] 用途次第では、テキストファイルとしての差分、あるいは正準形に変換した上でのテキストファイルとしての差分 >>4 でも十分かもしれません。 主たる目的が機械処理ではなく人間の検査であれば、むしろその方が違いがわかりやすいかもしれません。
[4] andreyvit/json-diff: Structural diff for JSON files () <https://github.com/andreyvit/json-diff>
[5] ne-sachirou/diff-with-json: diff with JSON structure. () <https://github.com/ne-sachirou/diff-with-json>
[6] JSON Diff () <http://tlrobinson.net/projects/javascript-fun/jsondiff/>