[1] 上位層プロトコルは、 プロトコル階層でより上位 (利用者に近い側、論理的な側) にあるプロトコルです。

[2] プロトコルの利用者という意味で使う応用 (アプリケーション) (application) もほぼ同義です。 必ずしも階層モデル上のアプリケーション層プロトコルではありませんし、 アプリケーションプログラムとして意識される単位と一致しているとも限りません。

[3] ここでいうプロトコルとは必ずしもネットワークプロトコルではなく、 マーク付け言語のようなデータ形式のこともあります。