[1] 個人的には学術論文がですます調でも全然問題ないし、世間様に読んでもらいたい文章なら積極的にですます調を選ぶという戦略もありだと思いますよ。

[2] むしろ個人的にはしばしば見かける本文がだである調なのに謝辞だけ唐突にですます調になる学術論文にすっごい違和感がありますね。 単著で章や頁がわかれているくらいなら謝辞や前書き、後書きの文体が違っていてもあまり違和感ないのですけれども、 やっぱり同じページで連続している文章で突然切り替わるから変な感じがするのでしょうね。

[3] 謝辞だけ丁寧語にしなければならない理由はないというか、そこで丁寧にするなら本文だって丁寧に語るべきなのに、 読者よりも身内の序列が大事なのかよwとか余計なことを気にしちゃうから違和感なんでしょうねえ。 読者にそんなどうでもいいことを気にさせた時点で文体選択の戦術として失敗してるのではないでしょうか。