約20万年前 - 隆起して島となる。
1864年(元治元年) - アメリカの船(ハワイ王国の宣教師船という説もある)モーニングスター号が来訪。マーカス島と命名する。
1879年(明治12年) - 日本人が訪れる。
1896年(明治29年)6月30日 - 水谷新六が到達、母島より46人が移住し、集落に「水谷」と命名。
1898年(明治31年)7月24日 - 「南鳥島」と命名され、東京府小笠原支庁に編入される。
1902年(明治35年) - アメリカが領有を試みてハワイから軍艦を出航させるが、それを察知した日本も軍艦を派遣し、先に上陸して牽制。島で小競り合いが起こったが、最終的には和解して日本領が確定。
1933年(昭和8年) - 全島民が撤収、無人島になる。
1935年(昭和10年) - 海軍気象観測所開設。
1942年(昭和17年)3月4日 - 太平洋戦争中、ハルゼー中将麾下のアメリカ海軍の第16任務部隊(空母エンタープライズ旗艦)により、南鳥島は東京府内で初めて空襲を受けた。その後も1943年(昭和18年)8月31日など何度も空襲を受けた。
1943年(昭和18年)7月1日 - 東京都制施行(東京府廃止)。
1945年(昭和20年) - 日本を占領下に置いた連合国軍の一国であるアメリカ軍が占領。
1952年(昭和27年) - サンフランシスコ条約によって、アメリカの正式軍政下に入る。
1968年(昭和43年)6月26日 - アメリカより返還され、東京都小笠原村に属する。海上自衛隊南鳥島航空派遣隊が編成される。
1993年(平成5年) - ロランC局(南鳥島ロランC局)を管理していたアメリカ沿岸警備隊が撤収。海上保安庁が管理を引き継ぐ。
2006年(平成18年)9月1日 - 台風12号接近により、気象観測所職員全員が一時島外避難。
2009年(平成21年)11月1日 - 環境省が鳥獣保護区に指定。
2009年(平成21年)12月1日 - ロランC局(南鳥島ロランC局)廃止に伴い海上保安庁職員が撤収。
2010年(平成22年)5月18日 - 南鳥島などの離島の保全を目的とした低潮線保全・拠点施設整備法案が衆議院を全会一致で通過。5月26日、参議院で全会一致で可決・成立し、一部規定を除き6月24日施行。
2011年(平成23年)3月31日 - 南鳥島港湾保全管理所の仮庁