[1] thr:in-reply-to は Atom の拡張要素で、エントリーに複数使っても構わないと定義されています。 すなわち、atom:entry 要素の子供として (のみ) 使えるものと推測されます。

[2] at:deleted-entry の子要素として使っても良いのかは不明です。