[1] apt-get install や apt-get update を自動的に実行するよう仕込むと、意外と高い確率で失敗します。 たまたま選ばれたミラーサイトの調子が悪いとか、ネットワークが不調だとかなのでしょうが、 使いものにならないほど頻繁ではないにせよ、無視できない程度によく失敗します。

[2] 失敗したら一度再試行することにすれば、ほぼ無視できるようになります。