[1] JSON の差分の記述方法はいくつか提案されています。

[2] 用途次第では、テキストファイルとしての差分、あるいは正準形に変換した上でのテキストファイルとしての差分 >>4 でも十分かもしれません。主たる目的が機械処理ではなく人間の検査であれば、むしろその方が違いがわかりやすいかもしれません。

[3] git diff で JSON の比較をいい感じにする - Qiita (2014-12-12 19:32:23 +09:00 版) http://qiita.com/wakaba@github/items/aec05f5c2f1ba9b8279a

[4] andreyvit/json-diff: Structural diff for JSON files (2017-06-27 18:49:19 +09:00) https://github.com/andreyvit/json-diff

[5] ne-sachirou/diff-with-json: diff with JSON structure. (2017-06-27 18:51:12 +09:00) https://github.com/ne-sachirou/diff-with-json

[6] JSON Diff (2017-06-27 18:51:48 +09:00) http://tlrobinson.net/projects/javascript-fun/jsondiff/