[1] Issue から他の Issue を参照すると、逆方向にもリンクとして表示されます。

[2] 非公開リポジトリーから非公開リポジトリーや、非公開リポジトリーから公開リポジトリーへのリンクでも、 逆方向のリンクが作られます。ただしそのリンクが表示されるのは、 リンク先のリポジトリーの閲覧権限がある人だけのようです。

[3] コミットメッセージに Issue の URL を含めると、 その Issue に逆方向のリンクが作られます。