正式な外交関係がないため、治外法権や外交特権は認められていないとみられる(米国では台湾関係法により例外的に認められている)が、日本では日中国交正常化前の中華人民共和国の中日備忘録貿易弁事処東京連絡処と同様に台北経済文化代表処に対して固定資産税等の税金を全額免除にさせてる[2]。また、職員に対して外交ビザの発給はできず特定活動ビザとなるが、「外交」の在留資格を持つ他の海外公館職員と同様、在留カードの発行は免除されている[3]。

非公式機関のため、大使館や外交特権こそないが、「一つの中国」原則の下、日中間の摩擦を避けつつ日台間の関係と台湾駐在を維持するため、「政府間関係ではない」「外交機関ではなく民間機関である」とする一種の方便として、“外交”の隠れ蓑として機能している。

本協会では、他の大使館と同様に領事業務を取り扱っているが、非公式機関である本協会が直接取扱いするわけにはいかず、形式上タイ王国・バンコクの日本大使館に業務を委託している。